Den administrative organisering skal understøtte, at Sundhedsaftalen omsættes til handling. Organiseringen rummer de strategiske drøftelser og beslutninger, tværregionale tiltag samt at de lokale kræfter sættes fri til at arbejde med de politiske pejlemærker i en lokal kontekst. Med den administrative organisering er der fokus på smidige og agile processer, så handlinger ikke forhindres af bureaukrati.
Strategisk Sundhedsforum har det overordnede administrative ansvar for udviklingen og driften af Sundhedsaftalen. Forummet er sammensat af direktører fra kommuner, direktionsrepræsentanter fra regionen og PLO-repræsentanter.
Fælles Forretningsudvalg er et fælles ledelsesforum under Sundhedsaftalen, som regionen, kommuner og PLO kan benytte til afklaring og indledende drøftelse af emner og problemstillinger om samarbejdet på sundhedsområdet, eller til indledende drøftelse af, hvordan nye tiltag kan håndteres.
Sundhedsklyngernes fagligt strategiske niveau i Syd, Vest, Midt og Nord skal omsætte og implementere Sundhedsaftalen og realisere den.
Koordineringsgruppen er fælles for den administrative og politiske organisering under Sundhedsaftalen og varetager koordineringen af opgaver mellem de forskellige fora og grupper.