Sekretariatet leverer bistand til organisationen på en lang række områder og har følgende hovedopgaver:
Betjening af det politiske niveau. Det sker primært gennem forberedelse, afvikling og opfølgning på regionsrådsmøder, forretningsudvalgsmøder, møder i de politiske udvalg, Kontaktudvalget og afholdelse af temadage for Regionsrådet, samt politikernes og rådets virke i øvrigt.
Betjening af direktionen og de øverste administrative fora. Regionssekretariatet bistår direktionen og regionsrådsformanden med sekretariatsbetjening generelt, forberedelse og bistand til direktions møder og Strategisk Sundhedsledelse samt andre direktionsopgaver. Regionssekretariatet bidrager til at koordinere og følge op på sager, der skal forelægges for direktionen. Kontoret har desuden opgaver i relation til at yde støtte til regionsrådsformanden.
Presse: Regionssekretariatet har ansvar for pressearbejde og strategisk kommunikation om regionens mål og opgaver.
Receptionen: Telefonomstilling, vejledning af gæster, udlevering af parkeringstilladelser, udlevering af bilnøgler, mødebookinger, modtagelse af varer til depoterne.
Feriefonden: Regionssekretariatet administrerer regionens Feriefond.
ESDH mv.: Regionssekretariat er ansvarlig for bl.a. eDoc registreringer, undervisning, udarbejdelse af vejledninger, digital post, arkivfunktioner, aftaler med leverandører om post mv.